Nos intestins contiennent des bactéries vieilles de plus de 15 millions d’années

Les humains d’aujourd’hui et nos ancêtres communs avec les singes possèdent des bactéries intestinales communes. Certaines d’entre elles descendent directement de celles qui peuplaient les intestins de nos aïeuls, il y a au moins quinze millions d’années.

Il est connu que l’homme descend du singe, plus exactement d’un ancêtre commun. Diverses études ont démontré que nous avons hérité de quelques pour cent des gènes de nos aïeuls. Aujourd’hui, une étude publiée dans la revue Science, nous révèle que certaines bactéries intestinales de l’homme descendent directement de celles qui peuplaient les intestins de nos ancêtres communs avec les singes, il y a au moins quinze millions d’années.

Ces bactéries « aident notre système immunitaire à combattre des agents pathogènes et pourraient même affecter notre humeur et notre comportement », explique Andrew Moeller, chercheur à l’Université de Californie et coauteur de cette étude. « Nous montrons avec cette recherche que certaines bactéries intestinales humaines descendent directement de celles qui vivaient dans les intestins de nos ancêtres communs avec les singes. Cela prouve qu’il y a une lignée ininterrompue de ces bactéries depuis des millions d’années, depuis l’émergence des singes africains », a-t-il ajouté.

Des preuves génétiques

Pour mener à bien cette recherche, les scientifiques ont analysé des échantillons fécaux de chimpanzés, de bonobos et gorilles qui vivent à l’état sauvage en Afrique, mais aussi de personnes vivant aux États-Unis, ainsi que des fossiles. Alors que la génétique a permis d’établir que ces quatre espèces d’hominidés ont toutes évolué à partir d’un ancêtre commun, qui vivait il y a plus de dix millions d’années, un séquençage génétique a permis à reconstruire les arbres de l’évolution des groupes de bactéries intestinales qui forment plus de 20 % du microbiome humain. Deux de ces groupes ont une évolution similaire à celle des hominidés.

Alors que les humains et les grands singes ont évolué dans des espèces distinctes à partir d’un ancêtre commun, cette étude prouve donc que des bactéries présentes dans les intestins de ce dernier ont suivi l’évolution des souches différentes. Le premier clivage des bactéries intestinales s’est produit il y a environ 15,6 millions d’années, lorsque la lignée des gorilles a divergé de celle des autres hominidés. Une seconde séparation est survenue il y a 5,3 millions d’années, au moment où la branche humaine s’est séparée de celles des chimpanzés et des bonobos.

« Nous savions depuis longtemps que les humains et nos plus proches cousins, les grands singes, ont ces bactéries dans leurs intestins », souligne Andrew Moeller. « La grande question était de savoir d’où viennent ces bactéries, de notre environnement ou de notre évolution, et combien de temps les lignées ont persisté », a-t-il encore ajouté.