Trois ans pour décrypter le génome du chêne pédonculé

Il aura fallu trois ans à un consortium piloté par l’INRA de Bordeaux-Aquitaine, en partenariat avec le Centre National de Séquençage du CEA (Génoscope), pour décrypter le génome du chêne pédonculé.

C’est en 2011 que programme français Genoak a été lancé pour décrypter le génome du chêne pédonculé afin de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation des arbres aux changements climatiques, mais pouvoir mieux comprendre la formation des tanins dans le vin lors de son élevage en barrique dans un second temps. Un consortium piloté par l’INRA de Bordeaux-Aquitaine en partenariat avec le Centre National de Séquençage du CEA (Génoscope) a réussi à séquencer cet arbre emblématique.

Le chêne pédonculé (Quercus robur) fait partie de la section botanique la plus importante du genre Quercus : les chênes blancs. On dénombre 200 espèces, présentes à la fois en Europe, en Asie et en Amérique.

Trois années de travail ont été nécessaires pour décrypter l’ensemble de l’information génétique portée par ses 12 paires de chromosomes. 50 000 gènes ont été caractérisés. Il est estimé que la moitié du 1 milliard et demi de paires de base du génome est constituée d’éléments répétés.

« Il s’agit du premier séquençage pour une espèce du genre Quercus très largement répandu dans l’hémisphère nord », soulignent les chercheurs. Leurs travaux ont été publiés sur le site Molecular Ecology Resources.

« Le séquençage du génome du chêne pédonculé constitue une porte d’entrée unique pour analyser et comprendre la fonction des gènes de cet arbre emblématique », souligne l’INRA. Son génome va servir de référence pour les autres espèces de chênes blancs, mais également pour des espèces plus éloignées de la famille des Fagacées (Châtaignier ou Hêtre).

Ces recherches permettront d’étudier la régulation interne des espèces exposées à de fortes variations climatiques annuelles, voire à des événements extrêmes au cours de leur vie, mais serviront aussi à l’identification des gènes impliqués dans l’adaptation à l’environnement ou dans les relations symbiotiques entre leurs racines et les champignons mycorhiziens (comme le mycélium de la truffe). Elles permettront aussi à l’identification des gènes responsables de la biosynthèse des extractibles du bois, ce qui confèrent leur saveur et goût aux vins et alcools.

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Une fille dans l'informatique était mal vue à l'époque de mes études. C'est pour cette raison que l'on m'a cantonné à des rôles secondaires lors des travaux de groupe, notamment celui de centralisateur des informations. Ce rôle central, au final crucial, m'a plu. C'est comme cela que je suis devenue chef de projet. Plus tard, cette attirance pour l'information m'a poussé à suivre des cours de journalisme. Comme j'avais la propension de centraliser l'actualité technologique, un ami m'a dit un jour : «Emilie, tu peux le faire ». C'est comme cela que je me suis retrouvée embarquée dans l'aventure de linformatique.org. Vu mon boulot, ce sont surtout les nouvelles technologies qui m'intéressent le plus.

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